建筑勞務分包稅率3%和9%的區別在于：

1、范圍不同：3%適用于建筑工程承包商將建筑勞務分包給其他企業的收入；而9%適用于建筑工程承包商自行提供建筑勞務的收入。

2、稅率不同：3%的稅率比9%的稅率低。

3、納稅義務人不同：3%的納稅義務人是建筑工程承包商，而9%的納稅義務人是提供建筑勞務的企業。